Неполная выплата зарплаты за весь учетный период (1 год)

Учитывать нужно оклад, установленный в соответствующий период времени. Потому что работодатель обязан платить ту плату, о которой было условие в трудовом договоре. Если при меньшем окладе не было договора о большей плате, значит и учитывать нужно меньший оклад. С момента увеличения оклада учитывается увеличенный, так условие трудового договора изменилось и установлен новый, более высокий оклад.

Какие-то особые нормы искать нет нужды. Только исполнять требования трудового договора (ну и соответствующие положения ТК РФ).

Если работнику захочется компенсации по более высокому окладу, то тут на мой взгляд договариваться надо (это не запрещено законом). При определении размера компенсации в период действия старого оклада в таком случае нужно учитывать не увеличенный оклад, а те суммы, которые может назначить суд в виде неустойки, процентов за пользование чужими средствами и проч. Предложить это сотруднику. Если откажется получить, пусть идёт в суд и теряет своё время.