Есть ли смысл подавать в пенсионный суд?

Нет смысла, так как ПФР в данном случае действует по Закону, где определен порядок уплаты по день ликвидации:

О страховых взносах в Пенсионный фонд Российской Федерации, Фонд социального страхования Российской Федерации, Федеральный фонд обязательного медицинского страхования

4_1. Если плательщики страховых взносов прекращают осуществлять предпринимательскую либо иную профессиональную деятельность после начала очередного расчетного периода, фиксированный размер страховых взносов, подлежащих уплате ими за этот расчетный период, определяется пропорционально количеству календарных месяцев по месяц, в котором утратила силу государственная регистрация физического лица в качестве индивидуального предпринимателя, прекращен либо приостановлен статус адвоката, прекращены полномочия нотариуса, занимающегося частной практикой. За неполный месяц деятельности фиксированный размер страховых взносов определяется пропорционально количеству календарных дней этого месяца по дату государственной регистрации прекращения физическим лицом деятельности в качестве индивидуального предпринимателя, прекращения либо приостановления статуса адвоката, прекращения полномочий нотариуса, занимающегося частной практикой, включительно.

8. В случае прекращения физическим лицом деятельности в качестве индивидуального предпринимателя, прекращения либо приостановления статуса адвоката, прекращения полномочий нотариуса, занимающегося частной практикой, прекращения деятельности иных лиц, занимающихся в установленном законодательством Российской Федерации порядке частной практикой, уплата страховых взносов такими плательщиками страховых взносов производится не позднее 15 календарных дней с даты государственной регистрации прекращения (приостановления) их деятельности включительно.

Статья 25. Пени

1. Пенями признается установленная настоящей статьей денежная сумма, которую плательщик страховых взносов должен выплатить в случае уплаты причитающихся сумм страховых взносов в более поздние по сравнению с установленными настоящим Федеральным законом сроки.

2. Сумма соответствующих пеней уплачивается помимо причитающихся к уплате сумм страховых взносов и независимо от применения мер ответственности за нарушение законодательства Российской Федерации о страховых взносах.

3. Пени начисляются за каждый календарный день просрочки исполнения обязанности по уплате страховых взносов начиная со дня, следующего за установленным настоящим Федеральным законом сроком уплаты сумм страховых взносов.

Вам для избежания роста пеней следует как можно скорее оплатить задолженность перед ПФР.

Вам бесполезно обращаться в суд - налоги начисляются ИП до исключения записи об ИП из ЕГРИП.

Нужно было ликвидировать ИП на время отпуска.