Предложили открыть ИП чтобы сотрудничать с ООО, могу ли я пострадать?

Из указанной вами схемы сотрудничества следует, что вам предлагается не зар.плата, а вознаграждение за консультацию/услугу/выполнение поручения.

Вы можете выступать как агент и получать комиссию, с которой ваш принципал (тот кого вы представляете как агент) будет удерживать НДФЛ. Для этого регистрировать ИП не нужно, тем более, если у вас есть какое-либо место работы. Поговорите с вашим ООО, возможно их устроит агентская система.

В том случае, когда вы регистрируетесь как ИП, вы несете расходы на регистрацию, на взносы в ПФР (фиксированные и обязательные, вне зависимости от дохода и ведения деятельности), но можете выбирать систему налогообложения, а также отвечаете по своим долгам всем своим имуществом, обязаны вести бух.отчетность в определенном объеме.

Пострадать вы можете в случае, если не получите оговоренное вознаграждение. Если вы оказываете услугу, то вы можете пострадать, если оказали ее некачественно, не вовремя, т.е. нарушили обязательства и контрагент-ООО может отказаться оплатить услугу в полном объеме.

Вам необходимо определиться, что для вас более выгодно.