Платить ли налог в соответствии с п. 6 ст. 228 НК РФ?

Согласно статье 24 Налогового Кодекса РФ таможня является налоговым агентом по отношению к своим работникам, на котором в соответствии с настоящим Кодексом возложены обязанности по исчислению, удержанию у налогоплательщика и перечислению налогов в бюджетную систему Российской Федерации.

Как налоговый агент (п.3 статьи) она обязана:

1) правильно и своевременно исчислять, удерживать из денежных средств, выплачиваемых налогоплательщикам, и перечислять налоги в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующие счета Федерального казначейства;

2) письменно сообщать в налоговый орган по месту своего учета о невозможности удержать налог и о сумме задолженности налогоплательщика в течение одного месяца со дня, когда налоговому агенту стало известно о таких обстоятельствах;

3) вести учет начисленных и выплаченных налогоплательщикам доходов, исчисленных, удержанных и перечисленных в бюджетную систему Российской Федерации налогов, в том числе по каждому налогоплательщику;

4) представлять в налоговый орган по месту своего учета документы, необходимые для осуществления контроля за правильностью исчисления, удержания и перечисления налогов;

4. Налоговые агенты перечисляют удержанные налоги в порядке, предусмотренном настоящим Кодексом для уплаты налога налогоплательщиком.

5. За неисполнение или ненадлежащее исполнение возложенных на него обязанностей налоговый агент несет ответственность в соответствии с законодательством Российской Федерации.

Таким образом, таможня отвечает за правильность начисления, удержания и оплаты НДФЛ с Вашего дохода и вся ответственность за это ложиться на неё. Вам нечего делать не нужно.