Как доказать свое присутствие на работе, если начальник написал служебную о моем отсутствии?

Здравствуйте. В данном случае Вам доказывать ничего не нужно. Если работодатель решит принять в отношении Вас меры дисциплинарного воздействия (объявить замечание, выговор или уволить), с Вас должны быть затребованы письменные объяснения. В них Вы можете указать, что в рабочее время были на рабочем месте. В случае наказания Вас Вы можете обратиться в суд с иском об отмене приказа о применении дисциплинарного взыскания, а в случае увольнения - о восстановлении на работе, взыскании среднего заработка за время вынужденного прогула и денежной компенсации морального вреда. В суде Вам и помогут Ваши свидетели.