В миграционной карте указали транзит, но не выехали - заставят сделать новую миграционную карту?

Нет, не заставят. Порядок использования миграционной карты иностранным гражданином или лицом без гражданства на территории Российской Федерации, устанавливают правила использования миграционной карты утвержденные постановлением Правительства Российской Федерации от 16.08.2004 г. №413. В данном постановлении сказано:

10. Миграционная карта находится у иностранного гражданина в течение срока его пребывания в Российской Федерации.

12. При выезде из Российской Федерации иностранный гражданин обязан сдать миграционную карту в пункте пропуска через государственную границу Российской Федерации должностному лицу органа пограничного контроля.

Причем Постановление не ограничивает иностранного гражданина в выборе мест пересечения государственной границы РФ.