Является ли это причиной отказа для получения супругу сертификата на квартиру?

Выдача государственных жилищных сертификатов осуществляются в рамках реализации подпрограммы «Выполнение государственных обязательств по обеспечению жильем категорий граждан, установленных федеральным законодательством». Она входит в федеральную целевую программу «Жилище» на 2011-2015 годы, утвержденную постановлением Правительства Российской Федерации от 17 декабря 2010 года.

В соответствии с Правилами право на участие в подпрограмме имеют признанные в установленном порядке нуждающимися в улучшении жилищных условий (получении жилых помещений) по месту службы:

сотрудники органов внутренних дел Российской Федерации, содержащиеся за счет средств федерального бюджета и увольняемые со службы по достижении ими предельного возраста пребывания на службе, или по состоянию здоровья, или в связи с организационно-штатными мероприятиями, общая продолжительность службы которых в календарном исчислении составляет 10 лет и более;

Так как квартира была перадана Вам, а не супругу и супруг в установленном порядке будет признан нуждающимся,то причин для отказа я не вижу. Единственное имеет значение, сколько человек зарегистрировано на той жилплощади где по месту жительства зарегистрирован ваш супруг, если менее учетной нормы, то его признают нуждающимся!