Могут ли возбудить уголовное дело на меня из-за недостачи?

Добрый вечер! Если Вы ничего не крали и не растрачивали, Вам нечего бояться. А заявление с прокуратуры не рекомендую забирать, это будет лишний раз доказывать, что Вы в чем-то виноваты. Идите до конца. Рекомендую также обратиться в суд о взыскании заработной платы и иных выплат, положенных при увольнении.

Уважаемый автор!

Не принимайте слова бывшего работодателя близко к сердцу, т.к. подобные ревизии, особенно в розничных сетях, часто проводятся без надлежащего документального оформления и по факту ревизией являются только в голове руководителя, её проводящего (на собственном опыте знаю, как сложно правильно оформить ревизию, чтобы по ее результатам законно уволить сотрудника). В Вашей же ситуации бояться стоит только работодателю, особенно, учитывая то, что работали Вы не официально.